Dal 20 maggio 2016 Cooperativa Archeologia ha una struttura duale basata su tre organi:
- l’Assemblea generale dei soci
- il Consiglio di sorveglianza, eletto dall’assemblea, con funzioni di nomina, indirizzo e controllo dell’organo esecutivo;
- il Consiglio di gestione composto da cinque componenti, organo esecutivo che si occupa della gestione della cooperativa. È composto dal Direttore Generale, con delega al Personale, dal Vice direttore, con delega a Amministrazione e Finanza e da tre responsabili di area: Acquisti, Commerciale e Sicurezza.